澳洲生物信息学算法COMP90014Algorithms for Bioinformatics课程介绍

生物信息学算法

COMP90014

Algorithms for Bioinformatics

学习目标

课程内容：

获得高通量数据的技术进步刺激了生物信息学新计算方法的发展。这门课将涵盖生物信息学数据分析中的核心计算挑战。课程涵盖了用于解决这些问题的重要算法方法和数据结构，以及随着这些问题规模的增加而出现的挑战。

课程涵盖了生物信息学中使用的关键算法，重点是基因组学。主题涉及：序列比对(动态算法和seed-and-extend)、基因组组装、变异检测、系统发育重建、基因组间隔、算法的复杂性和正确性、基因组数据的聚类和分类、数据简化和可视化。课程假设学生有编程经验，并且熟悉基因组学的基础。

学习成果：

完成本课程后，学生应该能够：

1、理解生物信息学数据表示；

2、描述常见生物信息学分析提出的计算挑战；

3、应用用于解决生物信息学问题的重要算法；

4、设计和实现算法和数据结构来解决生物信息学中的关键问题；

5、设计并实现算法问题解决工具，可以应用于各种生物信息学任务；

6、理解算法的计算复杂性所带来的可行性限制；

7、学习从数据中提取信息和可视化分析结果的技术。

课程评估：

1、大约在第4、8和11周提交三份作业，40%。

2、考试第1周交一份家庭作业，20%。

3、期末考试，2小时，40%。

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